子ども部屋ふたつを隣接して作る場合。

ふたつの子ども部屋を間仕切るものとしては壁が一般的ですが、
他にも引戸で区切ったり、可動式間仕切り収納で区切る方法があります。

可動式間仕切り収納とは、子どもの成長に合わせて間仕切り収納を移動出来る商品です。

子どもが小さいうちは、ゆるやかに可動式間仕切り収納で部屋を区切り、
成長したらきっちり部屋を区切る。

そして、子どもが独立後は部屋の隅に可動式間仕切り収納を移動させ、
オープンな広い部屋にするというような事が出来ます。

そんな便利な可動間仕切り収納なら取り入れたい、と思われるかもしれませんが、
個人的には、子ども部屋の間仕切りは可動式間仕切り収納ではなく、
普通に壁で間仕切る方法をお勧めします。

可動式間仕切り収納や、引戸での間仕切りの欠点は、
やはり遮音性が劣るという点です。

子どもが小さいうちは音なんて気にならないかもしれませんが、
音ってけっこう気になるものなので。
成長すると、お互いから苦情が出てくるかもしれません。

可動間仕切り収納に関してはかなりお値段も高価になりますので、
そこにお金をかけるのは勿体ないです。

確かに、あらかじめ壁で部屋を区切ってしまったら、
子どもが独立した際にはその部屋が活用しにくい部屋になり、
物置としてしか使わなくなる可能性はあります。

しかし、活用しにくい部屋があるのは無駄というわけでもなく、
客間や子どもが帰省した際の部屋として使えたりもします。

それに、物置として使える部屋があるのは、
物置として使える部屋が無いよりも、断然良い事ですよね。

また、広い部屋なら物置以外の使い道があるのに、という場合は、
間仕切りの壁を撤去してください。

ふたつの子ども部屋を繋げて、
広く使えるオープンな部屋にリフォームする方法もあります。
（構造の種類や、間取りによっては出来ない場合もあります）

間取りを考える際、子どもが独立後の子ども部屋の使い方を考えるのが
必要なのかもしれませんが、
この先のライフスタイルがどう変化するかは分かりません。

その時、その時で部屋の使い方を考えていく事になるなら、
子ども部屋の間取りはシンプルにしておく方がいいと思います。

以上をふまえて、子ども部屋はシンプルに普通の壁での間仕切りをお勧めします。